目前，潔凈車間技術已應用于許多行業，尤其是在醫院，制藥廠，醫療設備，檢驗檢疫，食品加工和實驗動物中，都有大量的新建和改建潔凈工程。由于市場的需要，大量的非專業人員進入到這個行業。許多工程技術人員由于對各個行業的特殊性和自身的施工能力缺少細致的了解，在設計中不可避免地存在許多缺陷。
1.設計人員知識結構缺陷
潔凈車間設計人員不僅應該對自己所選用的設備有全面的了解，還應該對所有能對系統泄漏量產生影響的因素，潔凈車間中，包括施工單位的施工水平有所了解，對送風適當地留有一定的設計余量是非常必要的。
2.回風系統中的問題
在壓力控制方面，回風系統的設計很重要，特別是回風口的計算。要合理的布置回風口，應全面的考慮凈化系統的綜合性能。回風系統的設置不單要把回風引回循環機組，還要參與系統壓力的控制。潔凈車間設計中突出的問題是片面強調房間內的氣流分布均勻，從而盲目的增加回風口的數量，大量使用相同尺寸的回風口，而不考慮采取相應控制措施。由于回風口面積的增大，無形中增加了回風量的控制難度，易導致正壓無法形成。
3.排風系統中的問題
設置排風系統的目的大致可以分成兩種:一是要滿足工藝要求，排出變質的氣體(如高含塵及有機物、高溫高濕氣體);二是要滿足系統要求，即補充新風。排風量的計算是一個比較復雜的過程，把它簡單化了就不會達到預期的效果。在實際工作中往往最容易忽略的就是系統中還存在泄漏量問題，負壓系統特別是在一些施工質量較差的工程上這個問題尤為突出。
排風系統的潔凈車間設計應該側重于它的合理性。滿足工藝要求的排風，排風位置的選擇很重要，要科學設置排泄點，有效減少排風風量是排風系統設計的宗旨。滿足新風量的要求主要是通過在系統中加一些排風實現;但不能一概而論，當建筑物和通風系統的泄漏量足夠大時，再設置排風就是多余的了，在設計時要對這方面有細致的了解。
負壓潔凈車間系統排風在計算排風量時最容易忽略的是建筑物的泄漏量，同時潔凈車間中，排風系統的阻力也是不可忽視的因素，不能只計算排風的風量而不考慮風機壓頭的選擇。
4.潔凈車間的新風系統中的問題
計算新風量時不能忽略整個系統的泄漏量問題，理論計算值和實際測定值的差別有時相差很懸殊，這和工程的各個環節有關。現在許多工程都大量使用集中新風系統，一個新風機組要供應幾個甚至十幾個循環機組的新風，如果每個循環系統都有風量選用誤差，那新風機組在風量選用上的誤差就會相當大。另外，有些工程在新風口和新風管道的設計上尺寸偏小;有些業主限制了建筑物上開洞的尺寸，這樣在設計時要采取補救措施，不應在發現新風量不足時再想辦法解決。
5.嚴格驗收
工程驗收是潔凈車間建造的一個必要環節，在凈化工程設計時就應該考慮到。要合理的設置檢測孔，不要認為有了就行。檢測孔的位置和相應的留有足夠長的穩定段是關鍵所在。