實驗室潔凈工程按功能分為樣品制備區、儀器分析室和輔助功能區。樣品制備區與儀器分析室采用隔墻實現物理隔離，樣品通過傳遞窗傳遞，最大限度降低交叉污染。外部設備室靠近儀器分析室的單獨隔室布置，可以減少清潔區域的面積并減少對清潔區域的干擾。節省投資和運行費用，方便使用管理。實驗室設置了參觀走廊，方便參觀，減少對實驗操作的影響。實驗室潔凈工程設計時根據需求進行了合理規劃，同時考慮了適當預留，便于后續業務擴展。
1.實驗室潔凈工程設備設計
實驗室潔凈工程設備是指為質譜儀服務的專用設備，包括化學安全柜，通風櫥，實驗室工作臺和緊急淋浴設備，是實驗室潔凈工程工程建設中不可或缺的一環。根據實驗特點，樣品制備區設備選擇PP塑料材質，儀器分析室設備選用不銹鋼材質。
2.建筑設計
實驗室潔凈工程采用組裝結構。樣品制備區可能會發生酸和堿揮發和逸出的情況。裝飾不僅必須滿足潔凈度要求，而且還必須具有耐酸堿腐蝕的能力，工程中隔墻和吊頂采用方鋼龍骨，玻鎂板基層板，表面貼2mm厚耐酸堿PVC塑料；地面采用自流平基層，表面貼2mm厚防靜電耐酸堿PVC板地面；塑鋼門窗。儀器分析室、輔助功能區采用彩鋼板隔墻和吊頂，耐磨環氧自流平地面，塑鋼門窗。隔墻與吊頂密封嚴密，隔墻與地面之間、隔墻與吊頂之間采用圓弧過渡，可以有效避免積塵死角。選材不產塵、易清理，滿足質譜分析潔凈室要求。
3.空調自控系統設計
空調自動控制系統使用通訊，傳感和計算機技術來監視空調設備的過程，可實現空調系統高效可靠穩定運行，保證潔凈度。潔凈工程中，采用先進成熟的可編程控制器（PLC）和集散控制系統（DCS）對空調系統進行集中管理、分散控制。
空調自動控制系統由檢測儀器，控制站，操作站和網絡組成。操作站實現控制調節、趨勢顯示、報警管理、報表打印和系統運行狀態監視等功能，是DCS系統最重要的人—機交互界面。
鼓風機采用恒定風量變頻控制，潔凈工程中，風扇轉速隨檢測點的風量變化而保持風量的穩定性；回風風機采用定風壓變頻控制，風機轉速隨檢測點風壓而變化，以維持風壓的穩定；空調系統初效、中效、高效過濾器壓差監測、報警。
空調機組送風、回風溫度、濕度、風量檢測，凈化工程中，根據回風溫度自動調節加熱閥或制冷閥開度，根據回風濕度自動調節加濕閥地溫度、濕度及壓差顯示終端，對散熱量較大的儀器分析間采用冷補償方式控制溫度，通過調節回風或排風閥開度控制房間壓差。