在整個施工中，有些潔凈工程主要的錯誤有設計錯誤，施工過程粗糙，不正確的維護和管理等方面。為了進一步加強對凈化空調系統的監督管理，使設計、施工、運行等各階段都能各盡其職，確保凈化系統能夠良好的運行，根據實際工作經驗，本文潤德凈化提出幾個設計施工過程中需要注意的問題。
1.潔凈等級的劃分
掌握潔凈度的分類標準是潔凈室設計和建造的第一步。目前，由于各種國內標準對清潔等級的定義不同，因此，潔凈工程應充分了解其中的異同，避免在工程中出現錯誤。目前我國常用的潔凈標準有《潔凈廠房設計規范》和《醫院潔凈手術部建筑技術規范》。在潔凈廠房規范中劃分為1-9級潔凈標準。
潔凈工程標準對不同控制顆粒尺寸的最大濃度限值有明確的要求。例如，5級，要求的是大于或等于0.5μm的最大濃度限值為3520pc/m3，大于或等于0.3μm的最大濃度限值為10200pc/m3。而潔凈工程規范中是直接以0.5μm為要求進行控制的粒徑。例如，潔凈度100級的要求為，大于或等于0.5μm的塵粒數大于350粒/m3到小于等于3500粒/m3。這個與潔凈廠房規范中要求的5級標準基本相同。
比較潔凈工程中的兩個凈化部門，可以看到潔凈室和潔凈操作部門之間的相應清潔度等級分別為5級（100級），6級（1000級），7級（10,000級）和8級（100,000級）。故在設計時，應明確潔凈室或潔凈區空氣潔凈度等級要求。另外，在《通風空調工程施工質量驗收規范》中，應用的是潔凈廠房1~9級標準，因而在潔凈工程施工過程中，需弄清楚其相對應的潔凈等級要求。以便施工過程中嚴格按照相應等級要求進行施工和相關功能性試驗。
2.潔凈工程的后期維護
潔凈工程中的空調系統需要控制室內溫、濕度，灰塵，有害氣體濃度和氣流分布，保證室內人員所需的新風量，并維持室內外合理的氣流流向，其中最為重要的是控制室內細菌的濃度。比較而言，工業潔凈空調系統潔凈度控制則更偏重于塵粒的控制。
同時，因為不同的應用行業，即使是同一級別的凈化工程也有不同的要求。您還應該熟悉每個行業的特征，充分掌握各規范的要求，才能切實做好生物潔凈工程的設計、施工、調試等工作。如《軍隊醫院潔凈護理單元建筑技術規范》、《藥品生產質量管理規范》和《無菌醫療器具生產管理規范》等。