GMP微生物實驗室設計基本思路為經濟、實用。凈化要求級別為萬級。實驗室設計有一更、二更、風淋和緩沖等實驗前的準備工作。采用人流、物流分開原則，以減少實驗污染，保證安全。
A、本布置緊湊、合理，滿足了實驗室操作和空氣潔凈度等級要求，同時力求科學性與經濟性的原則，考慮實驗室要求和發展及運行費用最優。B、潔凈室入口處設置風淋室，能有效清除人體所帶灰塵，減少潔凈室的灰塵量，同時風淋室也起到了氣閘的作用，防止不潔凈空氣由門進入潔凈區。C、潔凈室需向室內供給一定比例的新鮮空氣，凈化過濾后進入各實驗室以補償排風，保證正壓及工作人員需要。D、風量回風次數采用風量調節閥對不同要求潔凈級別的區域進行控制，以及壓強梯度的調節，保證氣流同“清潔”區域流向“污染”區域，潔凈室不同級別之間壓差為≥5pa，潔凈室與室外壓差為≥10pa。E、潔凈室設紫處燈殺菌裝置。 F、傳遞窗為全不銹鋼材質，機械聯鎖控制，內帶滅菌裝置。G、觀察窗為密閉潔凈窗，門為氣密潔凈門。
微生物實驗室基本要求；
（一）準備室 準備室用于配制培養基和樣品處理等。室內設有試劑柜、存放器具或材料的專柜、實驗臺、電爐、冰箱和上下水道、電源等。
（二）洗滌室 洗滌室用于洗刷器皿等。由于使用過的器皿已被微生物污染，有時還會存在病原微生物。因此，在條件允許的情況下，最好設置洗滌室。室內應備有加熱器、蒸鍋，洗刷器皿用的盆、桶等，還應有各種瓶刷、去污粉、肥皂、洗衣粉等。
（三）滅菌室 滅菌室主要用于培養基的滅菌和各種器具的滅菌，室內應備有高壓蒸汽滅菌器、烘箱等滅菌設備及設施。
（四）無菌室 無菌室也稱接種室，是系統接種、純化菌種等無菌操作的專用實驗室。在微生物工作中，菌種的接種移植是一項主要操作，這項操作的特點就是要保證菌種純種，防止雜菌的污染。在一般環境的空氣中，由于存在許多塵埃和雜菌，很易造成污染，對接種工作干擾很大。