在生產過程中，猶豫外界環境，設備老化能量損耗等諸多原因，會對潔凈室壓差，從而破壞原有所需風量。所以潔凈區各潔凈室維持正壓差的壓差風量，需要由室外新風補充。因此潔凈室正壓差風量的大小，直接影響到凈化空調系統的新風比，以及凈化空調系統的耗能量。潔凈區各潔凈室維持負壓差的壓差風量，由該潔凈室外滲入潔凈室，在很多情況下，其是未經凈化處理的室外風，因此潔凈室負壓差風量的大小，直接關系到負壓潔凈室的潔凈度。
目前，常見的計算潔凈室壓差風量的方法有縫隙法和換氣次數法。縫隙法即根據潔凈室門窗等縫隙總長度來估算潔凈室壓差風量，但在實際應用中，統計門窗等條縫數量的工作比較繁瑣且易造成錯漏，但目前已較少應用。
換氣次數法，即根據潔凈室換氣次數來估算潔凈室壓差風量。在實際工程中，完全可以通過加強潔凈室圍護結構氣密性，從而減少房間壓差風量。根據潔凈室壓差值大小，壓差風量宜按l～2次/小時的換氣次數選用。最簡單的先調整一下回風口格柵的方向開口大小。先確定好送風量及回風量，首先在風速風量滿足的前提下，可以調節回風口開啟大小和過濾布，看是否能達到要求，如不行，只有調節車間夾層的每個潔凈室高效口的風閥大小，但要注意調節的同時，會影響其他房間的風量。如調動高效口太多，最好調完后測試風速風量。