醫院的潔凈室所指的不只是潔凈手術部，而且還包括了：有潔凈度要求的血液病房, 重癥監護室(ICU)和隔離病房，制劑廠(室)，實驗室等等。醫院潔凈工程由于涉及到凈化空調、醫用氣體、給排水、強弱電、智能化、室內裝修、消防以及設備安裝等多個分項工程，加之初期投資大，運行成本高，可以說，它的運行管理科學合理與否，直接反映了一個現代化醫院的醫療管理水平和后勤保障水平。同時，潔凈工程設備是醫院耗能大戶，康德萊凈化認為如何使主要設備科學合理地運行，節能降耗是現階段面臨的主要問題。
一、確保潔凈工程設備正常運轉
潔凈室內的空調跟一般的中央空調是不一樣的，需要有專門的人進行管理。每天都應該不固定時間巡檢，定期分析所記錄的數據。尤其對空氣處理機組的進出口風量、壓差、潔凈室的溫度、濕度等主要指標和影響該指標的因素，要掌握規律后加以監控，做到未雨綢繆，不打無準備之仗。對潔凈工程的回風過濾器，新風的初效過濾器，機組內的中效和中高效或亞高效過濾器，潔凈室送風高效過濾器要定期更換、清潔、消毒。由于我國沿海地區空氣質量優良，一般初、中效過濾器每月檢查清洗，檢查有無泄漏或堵塞，發現后要及時更換，高效過濾器每半年配合檢測確定更換與否：對于高效過濾器參考指標，除室內潔凈度要求外，還應參考高效過濾器終阻力值。
二、降低潔凈工程設備運行成本
如果想要降低設備的運行成本的話，需要做的減少下面幾項支出：電能的消耗、輔材的更換以及設備的維修費用。合理維護保養設備，不但可以降低上述費用，更能延長機組壽命，保障使用效果。同時，一般設計工況都參考國標規定：潔凈室內濕度控制在40%-60%，所以，經常要靠降低潔凈室溫度來保證環境濕度，導致電能消耗嚴重，少則十幾千瓦，多則幾十千瓦，效果還不是很理想。另外，必須注意的是，所有潔凈工程系統在運行一段時間后，隨著初、中、高效過濾器上的風阻增加，都會降低過濾器效率，為了維持運行工況，會造成電能的浪費和損耗，從而增加設備運行成本。
從現在的情況來看，國內大多數的醫院在設備的實際運行工況上跟設計工況還有著很大的差別，有的甚至大相徑庭，雖然他們的設計理念和建造工藝比較先進，但缺乏嚴格有效的機制去管理和使用，還處于粗放型管理階段，很難發揮出應有的設計效果，造成能源的浪費和不必要的流失。因此，康德萊凈化認為欲達到節能降耗的目的，除選用新型節能產品、提高管理人員素質外，關鍵在于加強設備的運凈化工程行管理。