理想的無菌操作室應劃為三部分：
●更衣室：供更換衣服、鞋子及穿戴帽子和口罩。
●緩沖間：位于更衣間與操作間之間。
目的是為了保證操作間的無菌環境，同時可放置恒溫培養箱及某些必需的小型儀器。
●無菌操作間：專用于無菌操作、細胞培養。
大小要適當，且其頂部不宜過高（不超過2.5m），以保證紫外線的有效滅菌效果；墻壁光滑無死角以便清潔和消毒；
工作臺安置不應靠墻壁，臺面要光滑壓塑作表面，漆成白色或灰色以利于解剖組織及酚紅顯示pH的觀察。
孵育區——本區對無菌的要求雖不比無菌區嚴格，但仍需清潔無塵，因此也應設置在干擾少而非來往穿行的區域。孵育可在孵箱或可控制溫度的溫室中進行，后者費用高，一般實驗室多采用孵箱進行工作。
儲藏區——主要存放各類冰箱、干燥箱、液氮罐、無菌培養液、培養瓶等，環境需要清潔無塵。
制備區——主要進行培養液及有關培養用的液體等的制備。
清洗和消毒滅菌區——清潔和消毒滅菌區應與其他區域分開，主要進行所有細胞培養器皿的清洗、準備、消毒及三蒸水制備等工作。