傳遞窗按與之相連的較高級別的潔凈區的潔凈級別來管理，如：噴碼間與灌裝間相連的傳遞窗應按灌裝間的要求來管理。下班后由潔凈區操作者負責，將傳遞窗的內部各表面搽拭干凈，并打開紫外滅菌燈30分鐘。
1 物料進出潔凈區，必須嚴格與人流通道分開，由生產車間物料專用通道進出。
2 物料進入時，原輔料由配制班工序負責人組織人員脫包或外表清潔處理后，經傳遞窗送至車間原輔料暫存間；內包材料在其外暫存間拆去外包裝后，經傳遞窗送入內包間。車間綜合員與配制、內包裝工序負責人辦理物料交接。
3 通過傳遞窗傳遞時，必須嚴格執行傳遞窗內外門“一開一閉”的規定，兩門不能同時開啟。開外門將物料放入后先關門，再開內門將物料拿出，關門，如此循環。
4 潔凈區內的物料送出時，應先將物料運送至相關的物料中間站內，按物料進入時的相反程序移出潔凈區。
5 所有半成品從潔凈區運出，均需從傳遞窗送至外暫存間，經物流通道轉運至外包裝間。
6 極易造成污染的物料及廢棄物，均應從其專用傳遞窗運到非潔凈區。
7 物料進出結束后，應及時清理各清包間或中間站的現場及傳遞窗的衛生，關閉傳遞窗的內外通道門，做好清潔消毒工作。