潔凈空調系統與普通空調系統的最大區別就是送風量大，系統壓力高。在整個凈化工程系統中包括所有配件的阻力都很大，因此設備的選型尤為重要。在管道電加熱器、消聲器、過濾器的選擇上，特別是在風機的選擇上，一定要確保在其使用范圍內(工作點)的參數指標;使用變頻器的系統更要注意，否則就會失去使用效果。
最終的高效過濾器（或超高效過濾器）是整個凈化工程系統的核心。 為了延長使用壽命，需要使用預過濾器（包括初級，中級和次高效，甚至高效過濾器）。前置過濾器的選擇要著重于它的使用壽命，選用容塵量大的過濾器就是關鍵所在。
1. 凈化工程的施工質量對系統調試的影響
（1）建筑結構的密封性差
除了選材原因外，室內配套設施安裝后的密封性要特別注意，降低建筑的滲透性是維持潔凈環境的重要條件。在醫院的凈化工程中，建筑裝修和潔凈空調施工往往分包給不同的施工隊，由于許多建筑裝修單位缺乏對潔凈行業特殊性的了解，在選材、施工和安裝上的突出問題普遍存在。
（2）通風管道的泄漏量大
由于施工單位對質量管理的重視不足，因此通風管的泄漏可能高達10％或更多。 如果增加了設備和輔助設備的泄漏，對整個系統性能的影響將不可估量。
2. 凈化工程的空調設備質量對系統調試的影響
有些設備在出廠時存在質量問題，特別是風量調節閥，在凈化工程系統調試過程中往往會出現不能正常使用的現象。有的風量調解閥開啟方向與標注的方向相反，閥體材料強度不夠，電動(包括手動)執行器與閥體的聯動系統不能正常工作。選用了這樣的產品將會在系統調試時增加許多困難，甚至要從新更換。
綜上所述，凈化工程中空調建設在設計、設備選擇、施工質量、材料質量、機組調試驗收等方面都會對潔凈空間壓力控制產生影響。由此可知，在潔凈室建造的過程中，任何一個環節的失誤都會給施工質量造成重大影響。
這里既存在技術水平問題和管理經驗上存在不足，同時也存在責任問題。凈化車間在質量管理上的一個細小的失誤就會給工程驗收帶來影響;因此所有參與實驗室建造的人員都應隨時提高自己的理論水平，經常總結經驗教訓，在凈化工程的實踐中不斷提高自己及整個企業的專業技術水平。