潔凈室裝修設計布局和凈化空調系統有密切關系，凈化空調系統既要服從建筑總體布局，建筑布局也要符合凈化空調系統的原則，才能充分發揮相關功能的作用。凈化空調的設計者不僅要了解建筑布局以考慮系統的布置，而且要給建筑布局提出要求，使其符合潔凈室原理。
一、潔凈室的平面布局
潔凈室一般包括潔凈區、準潔凈區和輔助區三部分。
潔凈室的平面布置可以有以下幾種方式：
外廊環繞式：外廊可以有窗和無窗，兼作參觀和放置一些設備用，有的在外廊內設值班采暖。外窗必須是雙層密封窗。
內廊式：潔凈室設在外圍，而走廊設在內部，這種走廊的潔凈度級別一般都較高，甚至和潔凈室同級。
兩端式：潔凈區設在一邊，另一邊設準潔凈和輔助用房。
核心式：為了節約用地、縮短管線，可以潔凈區為核心，上下左右被各種輔助用房和隱蔽管道的空間包圍起來，這種方式避開室外氣候對潔凈區的影響，減少了冷熱能耗，利于節能。
二、人身凈化路線
為了在操作中盡量減少人活動產生的污染，人員在進入潔凈區之前，必須更換潔凈服并吹淋、洗澡、消毒。這些措施即“人身凈化”簡稱“人凈”。人凈用房中更換潔凈服的房間應予送風，并對入口側等其他房間保持正壓，對廁所、淋浴保持少許正壓，而廁所、淋浴應保持負壓。相關閱讀：潔凈室設計和標準進行改進，盡量滿足實驗室的需求
三、物料凈化路線
各種物件在送入潔凈區前必須經過凈化處理，簡稱“物凈”。物料凈化路線與人凈路線應分開，如果物料與人員只能在同一處進入潔凈室，也必須分門而入，物料并先經過粗凈化處理。對于生產流水線不強的場合在物料路線中間可設中間庫。如果生產流水線很強，則采用直通式物料路線，有時還需要在直通路線中間設多次凈化、傳遞設施。在系統設計上，物凈用房的粗凈化和精凈化階段由于會吹落很多生微粒，所以相對潔凈區應保持負壓或零壓，如果污染危險性大則對入口方向也要保持負壓。
四、管線組織
潔凈室裝修設計的管線非常復雜，所以對這些管線均采用隱蔽組織方式。具體隱蔽組織方式有以下幾種。
1.技術夾層
(1)頂部技術夾層。在這種夾層內一般因送、回風管的斷面大，故作為夾層內首先考慮的對象。一般將其安排在夾層的上方，其下安排電氣管線。當這種夾層的底板可承受一定重量時，可以在上面設置過濾器及排風設備等。
(2)房間技術夾層。這種方式和只有頂部夾層相比，可以減少夾層的布線與高度，可以省去回風管道返回上夾層所需的技術夾道。在下夾道內還可設回風機動力設備配電等，某層潔凈室的上夾道可以兼做上一層的下夾道。
1. 技術夾道(墻)
上下夾層內的水平管線一般都要轉向為豎向管線，這此豎向管線所在的隱蔽空間即技術夾道。技術夾道還可以放置不宜在潔凈室內的一些輔助設備，甚至還可以作為一般回風管道或靜壓箱，有的可安設光管型散熱器。這類技術夾道(墻)由于大多采用輕質隔斷，所以當工藝調整時，可方便地進行調整。
2.技術豎井
如果說技術夾道(墻)往往不越層，則需要越層時即用技術豎井，并且經常作為建筑結構的一部分，具有永久性。由于技術豎井把各層串通起來，為了防火，內部管線安裝完成后，要在層間用耐火極限不低于樓板的材料封閉，檢修工作分層進行，檢修門必須設防火門。不論技術夾層、技術夾道還是技術豎井，當直接兼作風道時，其內表面必須按潔凈室的內表面的要求處理。