隨著我國GMP達標藥廠的潔凈室建設規模迅速發展與擴大，從藥廠潔凈室設計上采取有力措施來降低能耗，節約能源，已到了刻不容緩的地步。長期以來，藥廠潔凈室無塵車間設計中針對的主要矛盾是微粒，而節能問題一直未引起高度重視。而從建筑布局、工藝條件上采用先進的節能技術和措施，可有效地降低能耗和藥品生產成本。
在滿足生產工藝的前提下，從節能的角度出發，需要確定合適的潔凈度等級、溫度、相對濕度等參數。GMP規定的藥廠無塵車間生產條件為：溫度18℃～26℃，相對濕度45%～65％。考慮到室內相對濕度過高易長霉菌，不利于潔凈環境的維持，過低易產生靜電，使人體感覺不適。根據制劑生產實際，只有部分工藝對溫度或相對濕度有一定要求，其他均著眼于操作人員的舒適感。因此，從我國人們的習慣和體質看，夏天溫度應從24℃升高到26℃，相對濕度45%~65%比較合適。冬天應該在20℃以上，而相對濕度從45％降到自然狀態（如20％）則節能是明顯的。
在藥廠無塵車間潔凈室設計中，對空氣潔凈度等級標準的確定，應在保證生產質量的前提下，綜合考慮工藝生產能力、設備的大小、操作方式和前后生產工序的連接方式、操作人數、設備自動化程度、設備檢修空間、設備清洗方式等因素，以降低投資和運行費用，達到節能要求。
潔凈室空氣的主要污染源不是人，而是新型建筑裝飾材料、清潔劑、粘接劑、現代辦公用品等。因此，使用低污染值的綠色環保材料可使藥廠潔凈室的污染狀態很低，這也是減少新風負荷，降低能耗的很好的途徑。
對于高照度操作點可以采用局部照明，而不宜提高整個車間的最低照度標準。同時，非生產房間照明應低于生產房間，但以不低于100流明為宜。根據日本工業標準照度級別，中精密度操作定為200流明，而藥廠操作不會超過中精密度操作，因此把最低照度從≥300流明降到150流明是合適的，此項措施可顯著節約能量。
在保證潔凈效果的前提下，減少換氣次數、送風量是節能的重要手段之一。換氣次數與生產工藝、設備先進程度及布置情況、潔凈室大小及形狀，以及人員密度等密切相關。如布置有普通安瓿灌封機的房間就需要較高的換氣次數，而帶有空氣凈化裝置的洗灌封聯動機的水針生產間，就只需較低換氣次數即可保持相同的潔凈度。